Existe un mayor índice de infecciones en las personas con síndrome de Down, sobre todo a nivel de vías respiratorias. Esta mayor incidencia se debe más a la conformación anatómica del macizo facial que a un defecto del sistema inmune. Eventualmente, en caso de infecciones repetidas en otras localizaciones corporales, se realizará un estudio básico de la inmunidad.
Algunos recién nacidos con síndrome de Down pueden presentar un trastorno de la hematopoyesis, semejante a la leucemia, que en la mayor parte de los casos remite espontáneamente.
También se ha descrito una mayor incidencia de leucemia en los primeros años de vida. Es importante el diagnóstico precoz, porque la respuesta al tratamiento es excelente.